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pH值是厌氧处理的又一个重要因素。厌氧过程中 ，水解菌与产酸菌对 pH有较大的适应范围 ，而甲1烷菌则对pH值比较敏感 ，适宜它的生长范围是6.5～7.8。若反应器内废水pH值超过这个范围 ，会引起由于甲1烷菌受到抑制而出现的酸积累等问题 ，因而甲1烷菌的这一特性也就决定了反应器内反应区所应控制的pH值范围。反应器内乙1酸的形成是对pH值影响大的一个因素。

不同特性的废水进入反应器后对pH值的影响也不同 ，例如含碳水化合物的废水会引起pH值的降低 ，而含大量蛋白质和氨基酸的废水则会造成pH值上升。因而 ，进液时废水可有不同的pH值 ，关键是保证进液后pH值的稳定 ，使废水有一定的缓冲能力 ，防止酸积累对甲1烷菌产生毒性影响。在操作过程中出水回流不仅在反应器启动阶段提供反应器一定的水力负荷 ，且由于出水碱度高于进水碱度 ，可增加废水的缓冲能力 ，减少化学物质的添加。